El 14 de diciembre del año 2000, en una reunión con sus padres, Horacio Gaggioli (Representante de Messi en ese tiempo) y Rexach se concretó el fichaje de Messi a la cantera del Barcelona. En sus comienzos en la Masía, Messi hizo equipo con Gerard Piqué y Cesc Fábregas, y fue dirigido por Tito Vilanova. Su debut en un partido oficial con la categoría infantil B se dio el 7 de marzo de 2001 ante el Amposta, fue un debut soñado ya que anotó un gol para la victoria de su equipo. En el siguiente partido, se fracturo el peroné tras una patada de un jugador rival; esta lesión hizo que Messi se perdiera todo el resto de temporada.
Finalizando el año 2001, en el comienzo de una nueva temporada, Lionel Messi fue ascendido a la categoría infantil A del Barcelona donde fue futbolísticamente destacado por anotar 21 goles en 14 partidos. Los excelentes resultados que mostró el jugador le permitieron ascender en el 2002 a la categoría cadete A, donde consiguió todos los títulos de los torneos que el equipo disputaba. Para la temporada 2003-2004 tuvo un pequeño paso por la categoría juvenil B donde sus habilidades con el balón lo llevaron a pasar de inmediato al Equipo C del Barcelona, donde debutó el 29 de noviembre de 2003 en el torneo de la tercera división de España. El crecimiento futbolístico de Messi se iba dando de manera acelerada, por lo que no duraba mucho en las categorías inferiores. Su paso al Barcelona B se dio el 6 de marzo de 2004, donde en ocasiones era llamado al equipo profesional a realizar entrenamientos y disputar algunos partidos de exhibición.
Lionel Messi debutó con el equipo Profesional del Barcelona el 16 de noviembre de 2003, en un partido amistoso ante el Porto de Portugal, el jugador aun militaba en categorías inferiores, sin embargo, era llamado para este tipo de partidos con el equipo profesional. Para la temporada 2004- 2005, Lionel hizo la pretemporada con el equipo profesional del Barcelona, donde participó en 3 partidos disputados en el Camp Nou y marcó un gol.
Su debut en un partido oficial se dio el 16 de octubre de 2004 cuando tenía 17 años, el director técnico Frank Rijkaard fue quien le dio la oportunidad en el partido ante el Espanyol por la liga española. Su primer gol oficial con el Barcelona lo consiguió el 1 de mayo de 2005, en el partido correspondiente a la fecha 34 contra el Albacete. Fue el debut soñado en el primer equipo, ya que el Barcelona se hizo campeón de la liga en esa temporada, tras cinco temporadas sin título alguno para el club.
La temporada 2005-2006 empezó cargada de éxitos para el jugador, ya que consiguió ser campeón de la súper copa de España el 13 de agosto de 2005. En ese año el Club catalán renovó el contrato de Messi hasta el año 2014 y mejoró su salario como retribución al excelente rendimiento que el jugador tenía en la plantilla principal; debido a esto Lionel vio seguras sus posibilidades de futuro en el club, por lo que el 26 de septiembre de ese mismo año recibió la nacionalidad española. A mediados del mes de noviembre,
